SHS leds av en styrelse som väljs av generalförsamlingen vartannat år. Till sin hjälp har styrelsen bl.a. en redaktion för Heraldisk Tidsskrift och en webredaktion för hemsidan.

På generalförsamlingen väljs också revisorer som har till uppgift att granska styrelsens verksamhet samt en valberedning som bereder val inför kommande generalförsamling.